Stipendien, die von einer in der EU oder dem EWR ansässigen gemeinnützigen Einrichtung vergeben werden, können steuerfrei sein, wenn die Organisation in erster Linie nicht eigenwirtschaftliche Zweige verfolgt, sondern selbstlos tätig ist. Erfüllt die Einrichtung die Gemeinnützigkeitsanforderungen der §§ 51 ff. der Abgabenordnung, ist das Stipendium der Einrichtung steuerfrei. Das entschied der Bundesfinanzhof (Az.: X R 33/08).
Eine deutsche Ärztin hatte von einer französischen Stiftung für ein Forschungsprojekt ein Stipendium erhalten. Die Stiftung ist in Deutschland nicht steuerpflichtig, kann aber nach deutschen Kriterien als gemeinnützig gelten. Das zuständige Finanzamt hat die Steuerfreiheit der Stipendiumszahlung abgelehnt, wogegen die Ärztin klagte.
Eine Einrichtung ist in Deutschland von der Körperschaftsteuer befreit, wenn sie inländische Einkünfte erzielen würde. Da dies nicht der Fall war, wäre Deutschland nach dem deutsch-französischen Doppelbesteuerungsabkommen berechtigt, auf das Stipendium eine Steuer zu erheben. Die Steuerfreiheit des Stipendiums von dem zufälligen Vorhandensein inländischer Einkünfte des Stipendiumsgebers abhängig zu machen, verstieße nach Auffassung des Bundesfinanzhofes gegen die Kapitalverkehrsfreiheit innerhalb der Europäischen Union.
